พงศาวดารเหนือ   ระบุว่าวัดสมณโกฏฐารามสร้างก่อนการตั้งอยุธยา  ดังปรากกฏในเรื่อง  “พระบรมราชา”  ซึ่งอาจารย์มานิต  วัลลิโภดม  สอบเทียบศักราชว่าครองราชย์ระหว่าง  พ.ศ. ๑๘๕๓ - ๑๘๘๗  เป็นพระบิดาของสมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๑ อู่ทอง  ได้เสด็จออกทรงผนวชเมื่อวันพุธ เดือน ๖ ขึ้น ๑  ค่ำ ปีฉลู  ฉศก  ณ วัดสมโณโกฏิ  อย่างไรก็ตาม  พงศาวดารเหนือเป็นเอกสารที่นักประวัติศาสตร์ประเมินว่ามีความคลาดเคลื่อนมาก ดังนั้น  “พระบรมราชา” พระองค์นี้อาจเป็นสมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ ๒  เจ้าสามพระยา กษัตริย์พระองค์ที่ ๗  ของกรุงศรีอยุธยา (ครองราชย์ พ.ศ. ๑๙๖๗ – ๑๙๙๑) ก็ได้ เพราะพระราชพงศาวดารฉบับพระราชหัตถเลขาระบุว่า  พระองค์ทรงสร้างวัดมเหยงคณ์  เมื่อ  พ.ศ. ๑๙๖๗  ซึ่งวัดมเหยงคณ์เป็นวัดใหญ่อยู่ใกล้กับวัดสมณโกฏฐารามและยังมีสถูปเจดีย์บางองค์ที่มีลักษณะใกล้เคียงกันด้วย  เหตุการณ์ที่  “พระบรมราชา”  ทรงผนวชที่วัดนี้  ย่อมแสดงให้เห็นว่า  ขณะนั้นวัดสมณโกฏฐารามจะต้องเป็นพระอารามหลวงขนาดใหญ่  และวัดสมณโกฏฐารามก็คงจะคงความเป็นพระอารามหลวงสำคัญสืบมาตลอดยุคสมัยของกรุงศรีอยุธยา  ต่อมาในรัชสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช เจ้าพระยาโกษาธิบดี (เหล็ก)  และเจ้าพระยาโกษาธิบดี (ปาน)  สองเจ้าพระยาพระคลัง ได้บูรณปฏิสังขรณ์วัดนี้หลังจากกลับจากตีเมืองเชียงใหม่

               คำให้การขุนหลวงหาวัด  เป็นหลักฐานอีกชิ้นหนึ่งที่ยืนยันฐานะความเป็นพระอารามหลวงของวัดสมณโกฏฐาราม ดังปรากฏชื่อวัดนี้ในคำให้การตอนทำเนียบวัด  (พระอารามหลวง)  ในกรุงศรีอยุธยา  มีชื่อ  วัดจโมรกุฏ  อยู่ในอันดับที่ ๑๗  ซึ่งสมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ  กรมพระยาดำรงราชานุภาพประทานคำอธิบายไว้ในวงเล็บท้ายชื่อว่า  วัดสมณะโกฎ

              หลังจากเสียกรุงศรีอยุธยาแก่พม่าใน พ.ศ. ๒๓๑๐  แล้ว  วัดสมณโกฏฐารามมีสภาพเป็นวัดร้าง จน พ.ศ. ๒๕๐๒  พระอาจารย์เจริญได้รับนิมนต์มาเป็นผู้ดำเนินการปฏิสังขรณ์วัด  ในชั้นแรกได้ใช้โบสถ์ซึ่งอยู่ในสภาพรกร้างเป็นที่พำนักก่อน  ประชาชนย่านใกล้เคียงเกิดความเลื่อมใสศรัทธาช่วยกันบูรณปฏิสังขรณ์วัดขึ้นอีกครั้ง จนวันที่ ๑๕ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๕๑๐  ทางราชการได้ประกาศยกสภาพวัดจากวัดร้างเป็นวัดมีพระสงฆ์  เปลี่ยนชื่อวัดจาก  วัดสมณโกษ  เป็น  วัดสมณโกฏฐาราม  มีเขตวิสุงคามสีมากว้าง ๔๐ เมตร  ยาว ๘๐ เมตร

               โบราณสถานภายในวัด  มีรูปแบบทางศิลปหลายยุคสมัย  เป็นต้นว่าปรางค์ประธาน ที่แตกหักเหลือเพียงฐานชั้นที่ ๒ ลงมาเท่านัน  เจดีย์บริวาณทั้ง ๔ ทิศ  จากการขุดแต่งโดยกรมศิลปากร  มีรายงานว่ามีการปลูกสร้างคร่อมทับบนโบราณสถานยุคเก่ากว่า ส่วนวิหาร  ตั้งอยู่ทางทิศตะวันออกของปรางค์ประธาน  หันหน้าไปทางทิศตะวันออก ส่วนหนึ่งของวิหารกลายเป็นถนนราดยางที่พาดผ่านหน้าโบราณสถานไปแล้ว    มีพระพุทธรูปองค์สำคัญซึ่งหลวงพ่ออั้น  เจ้าคณะตำบล ซึ่งเป็นผู้นำในการปฏิสังขรณ์ในขณะนั้นตั้งชื่อว่า พระพิชิตมารโมฬี  และมีชื่อเรียกทั่วไปว่า  หลวงพ่อขาว  ที่ด้านข้างของฐานชุกชีทั้งสองด้านประดิษฐานพระอัครสาวก  ถัดจากพระอัครสาวกไปทางด้านขวาของพระประธานเป็นศาลเจ้าพระยาโกษาธิบดี (เหล็ก)  ส่วนทางด้านซ้ายของพระประธานเป็นศาลเจ้าพระยาโกษาธิบดี (ปาน) เจดีย์ทรงระฆัง   ตั้งอยู่ระหว่างปรางค์ประธานและอุโบสถ  ภายหลังการขุดแต่งพบว่าเป็นเจดีย์ทรงระฆัง ฐานกลม ศิลปแบบอยุธยาตอนต้น เหนือองค์ระฆังเป็นบัลลังก์สี่เหลี่ยมมีลวดลายปูนปั้นระดับผนังบัลลังก์ทั้งสี่ด้าน  ซึ่งเป็นศิลปะสมัยอยุธยาตอนต้นโดยได้รับอิทธิพลลวดลายประดับแบบสุโขทัย

                อุโบสถ   อุโบสถวัดสมณโกฏฐารามตั้งอยู่ทางด้านทิศตะวันตกของปรางค์ประธาน  ตัวอุโบสถมีลักษณะเป็นอาคารก่ออิฐฉาบปูน  ฐานเป็นฐานบัวลูกแก้วอกไก่ตั้งบนฐานหน้ากระดานสูง ๙ เมตร  ในชั้นแรกถัดขึ้นไปเป็นชุดฐานบัวลูกแก้วอกไก่ที่รองรับส่วนของผนังทึบ  หันหน้าไปทางทิศตะวันตก  มีรูปทรงแอ่นโค้งในลักษณะคล้ายเรือสำเภาทั้งทั้งด้านกว้างและด้านยาวของตัวอาคาร  โดยสังเกตเห็นได้ชัดตั้งแต่ส่วนฐานขึ้นไปจนถึงส่วนยอด  อุโบสถนี้เป็นอาคารที่มีมุขลด  โดยมุขทางด้านตะวันออก – ตะวันตก  สูงกว่าผนังด้านเหนือ – ใต้  บัวหัวเสาทำเป็นบัวแวงเหมือนกับวิหารของวัดกุฎีดาว

                ที่น่าสนใจคือ บริเวณด้านนอกรอบอุโบสถมีใบเสมาตั้งอยู่บนฐานแปดเหลี่ยม  ใบเสมามีทั้งหมด ๘ หลัก  ด้านหน้า ๑  หลัก  ด้านหลัง ๑หลัก  และด้านข้างด้านละ ๓ หลัก  จัดเป็นเสมาขนาดกลางแบบเสมานั่งแท่น  ที่พิเศษกว่าวัดแห่งอื่น ๆ มีรูปแบบแตกต่างกันถึง ๓ แบบ ๓ ยุคสมัยคือ

                แบบที่ ๑  เสมาหินทรายแดง   เป็นแบบที่มีอยู่มากที่สุด  ลักษณะเป็นใบเสมาแบบเก่าที่ฐานสลักลายเป็นรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้า ๒ ช่อง

                แบบที่ ๒ เสมาหินทรายขาว   มีลักษณะเอวเสมาคอดเล็ก  มีตัวเหงา ๒ ข้าง (กนก)

                แบบที่ ๓ เสมาหินชนวน   ใบเสมาอยู่ในสภาพชำรุด  รูปทรงสูงชะลูดกว่าใบเสมาทั้งสอง

พระใบเสมากรุวัดสมณโกฏฐาราม และกรุวัดมณเฑียร

พิมพ์ใบเสมาข้างกนก

               พระใบเสมากรุวัดมณเฑียร  เป็นพระที่กำเนิดในสมัยอยุธยาตอนต้น  พระที่พบมีทั้งเนื้อดินและเนื้อชิน  ส่วนมากจะพบแต่ประเภทเนื้อดินส่วนพิมพ์แยกได้เป็น ๓ พิมพ์

               ๑.      พิมพ์ใบเสมาข้างกนก

       ๒.    พิมพ์ใบเสมาซุ้มขีด

               ๓.   พิมพ์ใบเสมาฐานสูง