พงศาวดารเหนือ ระบุว่าวัดสมณโกฏฐารามสร้างก่อนการตั้งอยุธยา ดังปรากกฏในเรื่อง พระบรมราชา ซึ่งอาจารย์มานิต วัลลิโภดม สอบเทียบศักราชว่าครองราชย์ระหว่าง พ.ศ. ๑๘๕๓ - ๑๘๘๗ เป็นพระบิดาของสมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๑ อู่ทอง ได้เสด็จออกทรงผนวชเมื่อวันพุธ เดือน ๖ ขึ้น ๑ ค่ำ ปีฉลู ฉศก ณ วัดสมโณโกฏิ อย่างไรก็ตาม พงศาวดารเหนือเป็นเอกสารที่นักประวัติศาสตร์ประเมินว่ามีความคลาดเคลื่อนมาก ดังนั้น พระบรมราชา พระองค์นี้อาจเป็นสมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ ๒ เจ้าสามพระยา กษัตริย์พระองค์ที่ ๗ ของกรุงศรีอยุธยา (ครองราชย์ พ.ศ. ๑๙๖๗ ๑๙๙๑) ก็ได้ เพราะพระราชพงศาวดารฉบับพระราชหัตถเลขาระบุว่า พระองค์ทรงสร้างวัดมเหยงคณ์ เมื่อ พ.ศ. ๑๙๖๗ ซึ่งวัดมเหยงคณ์เป็นวัดใหญ่อยู่ใกล้กับวัดสมณโกฏฐารามและยังมีสถูปเจดีย์บางองค์ที่มีลักษณะใกล้เคียงกันด้วย เหตุการณ์ที่ พระบรมราชา ทรงผนวชที่วัดนี้ ย่อมแสดงให้เห็นว่า ขณะนั้นวัดสมณโกฏฐารามจะต้องเป็นพระอารามหลวงขนาดใหญ่ และวัดสมณโกฏฐารามก็คงจะคงความเป็นพระอารามหลวงสำคัญสืบมาตลอดยุคสมัยของกรุงศรีอยุธยา ต่อมาในรัชสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช เจ้าพระยาโกษาธิบดี (เหล็ก) และเจ้าพระยาโกษาธิบดี (ปาน) สองเจ้าพระยาพระคลัง ได้บูรณปฏิสังขรณ์วัดนี้หลังจากกลับจากตีเมืองเชียงใหม่
คำให้การขุนหลวงหาวัด เป็นหลักฐานอีกชิ้นหนึ่งที่ยืนยันฐานะความเป็นพระอารามหลวงของวัดสมณโกฏฐาราม ดังปรากฏชื่อวัดนี้ในคำให้การตอนทำเนียบวัด (พระอารามหลวง) ในกรุงศรีอยุธยา มีชื่อ วัดจโมรกุฏ อยู่ในอันดับที่ ๑๗ ซึ่งสมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมพระยาดำรงราชานุภาพประทานคำอธิบายไว้ในวงเล็บท้ายชื่อว่า วัดสมณะโกฎ
หลังจากเสียกรุงศรีอยุธยาแก่พม่าใน พ.ศ. ๒๓๑๐ แล้ว วัดสมณโกฏฐารามมีสภาพเป็นวัดร้าง จน พ.ศ. ๒๕๐๒ พระอาจารย์เจริญได้รับนิมนต์มาเป็นผู้ดำเนินการปฏิสังขรณ์วัด ในชั้นแรกได้ใช้โบสถ์ซึ่งอยู่ในสภาพรกร้างเป็นที่พำนักก่อน ประชาชนย่านใกล้เคียงเกิดความเลื่อมใสศรัทธาช่วยกันบูรณปฏิสังขรณ์วัดขึ้นอีกครั้ง จนวันที่ ๑๕ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๕๑๐ ทางราชการได้ประกาศยกสภาพวัดจากวัดร้างเป็นวัดมีพระสงฆ์ เปลี่ยนชื่อวัดจาก วัดสมณโกษ เป็น วัดสมณโกฏฐาราม มีเขตวิสุงคามสีมากว้าง ๔๐ เมตร ยาว ๘๐ เมตร
โบราณสถานภายในวัด มีรูปแบบทางศิลปหลายยุคสมัย เป็นต้นว่าปรางค์ประธาน ที่แตกหักเหลือเพียงฐานชั้นที่ ๒ ลงมาเท่านัน เจดีย์บริวาณทั้ง ๔ ทิศ จากการขุดแต่งโดยกรมศิลปากร มีรายงานว่ามีการปลูกสร้างคร่อมทับบนโบราณสถานยุคเก่ากว่า ส่วนวิหาร ตั้งอยู่ทางทิศตะวันออกของปรางค์ประธาน หันหน้าไปทางทิศตะวันออก ส่วนหนึ่งของวิหารกลายเป็นถนนราดยางที่พาดผ่านหน้าโบราณสถานไปแล้ว มีพระพุทธรูปองค์สำคัญซึ่งหลวงพ่ออั้น เจ้าคณะตำบล ซึ่งเป็นผู้นำในการปฏิสังขรณ์ในขณะนั้นตั้งชื่อว่า พระพิชิตมารโมฬี และมีชื่อเรียกทั่วไปว่า หลวงพ่อขาว ที่ด้านข้างของฐานชุกชีทั้งสองด้านประดิษฐานพระอัครสาวก ถัดจากพระอัครสาวกไปทางด้านขวาของพระประธานเป็นศาลเจ้าพระยาโกษาธิบดี (เหล็ก) ส่วนทางด้านซ้ายของพระประธานเป็นศาลเจ้าพระยาโกษาธิบดี (ปาน) เจดีย์ทรงระฆัง ตั้งอยู่ระหว่างปรางค์ประธานและอุโบสถ ภายหลังการขุดแต่งพบว่าเป็นเจดีย์ทรงระฆัง ฐานกลม ศิลปแบบอยุธยาตอนต้น เหนือองค์ระฆังเป็นบัลลังก์สี่เหลี่ยมมีลวดลายปูนปั้นระดับผนังบัลลังก์ทั้งสี่ด้าน ซึ่งเป็นศิลปะสมัยอยุธยาตอนต้นโดยได้รับอิทธิพลลวดลายประดับแบบสุโขทัย
อุโบสถ อุโบสถวัดสมณโกฏฐารามตั้งอยู่ทางด้านทิศตะวันตกของปรางค์ประธาน ตัวอุโบสถมีลักษณะเป็นอาคารก่ออิฐฉาบปูน ฐานเป็นฐานบัวลูกแก้วอกไก่ตั้งบนฐานหน้ากระดานสูง ๙ เมตร ในชั้นแรกถัดขึ้นไปเป็นชุดฐานบัวลูกแก้วอกไก่ที่รองรับส่วนของผนังทึบ หันหน้าไปทางทิศตะวันตก มีรูปทรงแอ่นโค้งในลักษณะคล้ายเรือสำเภาทั้งทั้งด้านกว้างและด้านยาวของตัวอาคาร โดยสังเกตเห็นได้ชัดตั้งแต่ส่วนฐานขึ้นไปจนถึงส่วนยอด อุโบสถนี้เป็นอาคารที่มีมุขลด โดยมุขทางด้านตะวันออก ตะวันตก สูงกว่าผนังด้านเหนือ ใต้ บัวหัวเสาทำเป็นบัวแวงเหมือนกับวิหารของวัดกุฎีดาว
ที่น่าสนใจคือ บริเวณด้านนอกรอบอุโบสถมีใบเสมาตั้งอยู่บนฐานแปดเหลี่ยม ใบเสมามีทั้งหมด ๘ หลัก ด้านหน้า ๑ หลัก ด้านหลัง ๑หลัก และด้านข้างด้านละ ๓ หลัก จัดเป็นเสมาขนาดกลางแบบเสมานั่งแท่น ที่พิเศษกว่าวัดแห่งอื่น ๆ มีรูปแบบแตกต่างกันถึง ๓ แบบ ๓ ยุคสมัยคือ

แบบที่ ๑ เสมาหินทรายแดง เป็นแบบที่มีอยู่มากที่สุด ลักษณะเป็นใบเสมาแบบเก่าที่ฐานสลักลายเป็นรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้า ๒ ช่อง
แบบที่ ๒ เสมาหินทรายขาว มีลักษณะเอวเสมาคอดเล็ก มีตัวเหงา ๒ ข้าง (กนก)
แบบที่ ๓ เสมาหินชนวน ใบเสมาอยู่ในสภาพชำรุด รูปทรงสูงชะลูดกว่าใบเสมาทั้งสอง
พระใบเสมากรุวัดสมณโกฏฐาราม และกรุวัดมณเฑียร
พิมพ์ใบเสมาข้างกนก


พระใบเสมากรุวัดมณเฑียร เป็นพระที่กำเนิดในสมัยอยุธยาตอนต้น พระที่พบมีทั้งเนื้อดินและเนื้อชิน ส่วนมากจะพบแต่ประเภทเนื้อดินส่วนพิมพ์แยกได้เป็น ๓ พิมพ์
๑. พิมพ์ใบเสมาข้างกนก
๒. พิมพ์ใบเสมาซุ้มขีด
๓. พิมพ์ใบเสมาฐานสูง
พระใบเสมานี้ภายหลังยังได้พบที่วัด วัดสมณโกษ ( วัดสมณโกฏฐาราม ) อีกเป็นจำนวนมาก
พุทธลักษณะ เป็นพระพุทธเจ้าประทับนั่งมารวิชัยอยู่ในซุ้ม มีฐานบัวคว่ำบัวหงายรองรับ ด้านข้างมีร่มพฤกษาปรกคลุม รูปทรงแบบใบเสมา พิมพ์ข้างกนกเป็นพระพิมพ์ที่พบน้อยมาก พระจะหนากว่าพิมพ์อื่น ๆ เนื้อหาของพระกรุนี้ จะไม่ค่อยหยาบนัก สีของเนื้อพระมีหลายสีด้วยกัน เช่นสีแดง สีส้ม สีน้ำตาล สีเขียว สีดำ สีเทา และสีพิกุลแห้ง
รูปทรงของพระใบเสมา ทั้ง ๓ พิมพ์ ล้วนอิงกับรูปแบบของใบเสมาซึ่งเป็นเครื่องหมายปักเขตอุโบสถ ฐานของใบเสมาแบบบัวคว่ำบัวหงายเป็นศิลปของใบเสมาสมัยสุโขทัยและอยุธยาตอนต้น พระพิมพ์ใบเสมาจึงจัดเป็นพระที่มีศิลปและเอกลักษณ์เป็นของตัวเอง และเป็นพระที่อยู่ในความนิยมมาโดยตลอด
พิมพ์ใบเสมาซุ้มขีด






พิมพ์ใบเสมาฐานสูง




